潔凈空調系統和一般空調系統比較，在冷、熱加濕源的選擇上是有區別的，因為潔凈空調系統的溫度、濕度、潔凈度的參數是根據生產工藝的需要提出來的，因此在冷、熱加濕源的選擇時以滿足生產工藝的需要為前提，再根據工程所在地的具體情況進行比較，選擇比較經濟、高效的制冷機、加熱形式和加濕的形式。
在潔凈空調系統中，熱源的選擇一般由熱水、蒸汽和電加熱。
1．熱水：作為加熱的熱源，用熱水是比較好的選擇，不僅調節方便，管理也方便，而且空氣的品質也好，讓在潔凈室內工作的人員感覺會比較舒適。用熱水作為熱源，對送風溫度的控制也比較容易而且精度高很多。有蒸汽源的工程都將蒸汽通過板式換熱器交換成熱水作為加熱源。以熱水作為熱源，水溫可以從45℃到90℃，水溫差一般取5℃到20℃。選擇熱水作為熱源，其供水溫度和溫差要根據工程的實際情況來決定。如用熱泵機組作為熱源，它能提供的水溫不會高于45℃，因此供回水的溫差也就取5℃，這樣就要求空調箱內加熱器的加熱面積要大，在空調箱這方面的初投資就增加了。如有熱水鍋爐或用蒸汽通過板式換熱器制成的熱水，水溫的選擇范圍很大，若選擇進水溫度高溫差大，那空調箱內的換熱器面積就選擇小一些。初投資可以減少，但對送風溫度控制的精度就會相對差一些，空氣的舒適度也不如低水溫的好。
2．蒸汽：用蒸汽直接作為熱源，舒適度較差，管理也比較麻煩，控制溫濕度的精度也較差，但它的最大優點就是初投資較省。
一般用蒸汽作為熱源，在輸送過程中一般采用蒸汽壓力比較高。高壓輸送蒸汽成本低，沿程阻力所占降壓比例很小，到達使用點時，根據加熱器的承壓要求，就近進行減壓處理，然后再給加熱器使用，凝結水經過疏水器進入凝結水回收管送回鍋爐房。凝結水排放要經過排污降溫池處理后再排入下水管。
3．電加熱：作為加熱源它控制靈活、方便、精度高，節省初投資。但是，電加熱的效率太低，運行費用會很高，且電是高品位能源，用電加熱不符合能量梯級利用的原則。因電加熱的能效比最大是1，而熱泵機組的能效比可達到3以上。所以從節能的角度上認為電加熱作為主熱源是不允許的。在潔凈空調系統中用電加熱作為溫濕的微調還是有必要的。
