生物潔凈室是在工業(yè)潔凈室的基礎上發(fā)展起來的，所以其標準也往往以工業(yè)潔凈室標準為基礎。通常的辦法是在參照工業(yè)潔凈室對空氣中懸浮粒子的允許濃度制定潔凈室級別的同時，再規(guī)定空氣中允許的微生物濃度。現(xiàn)有標準中所允許細菌濃度，包括浮游菌濃度和沉降菌濃度兩種。
國際上第一個有關微生物凈化級別的標準是美國航空與航天管理局（NASA）制定的NHB5340.2《潔凈室和潔凈工作臺微生物控制標準》，至今仍被廣泛應用于各國的相關標準和相關行業(yè)。其潔凈度級別可參見表1。
表1 美國宇航局（NASA）標準NHB5340.2
由于該標準是針對宇航工業(yè)，因而偏嚴。隨著生物潔凈室應用日益廣泛，各國又陸續(xù)制定出許多針對不同應用場合的標準。如在藥品生產(chǎn)領域非常著名的GMP標準等。
所謂GMP（Good Manufacturing Practice）是藥品生產(chǎn)質量管理規(guī)范的簡稱。自美國1962年率先頒布了GMP后，各國相繼頒布實施GMP制度。1982年，由我國醫(yī)藥工業(yè)部門首先頒布GMP，通過實施，經(jīng)多次修訂于1999年由國家藥品監(jiān)督管理局正式發(fā)布了我國現(xiàn)行的GMP標準（見表2）。必須指出：雖然作為質量管理規(guī)范的GMP標準，并不僅僅是針對空氣潔凈技術和等級的標準，但空氣潔凈技術是GMP實施的一個必要條件。
表2 GMP潔凈室（區(qū)）空氣潔凈度級別
A級潔凈區(qū)空氣懸浮粒子的級別為ISO4.8，以≥5.0μm的懸浮粒子為限度標準；
B級潔凈區(qū)（靜態(tài)）的空氣懸浮粒子的級別為ISO5，同時包括表中兩種粒徑的懸浮粒子；
C級潔凈區(qū)（靜態(tài)和動態(tài)），空氣懸浮粒子的級別分別為ISO7和ISO8；
D級潔凈區(qū)（靜態(tài)）空氣懸浮粒子的級別為ISO 8，測試方法可參照ISO 14644-1。
除此以外，還有針對潔凈手術室、生物安全潔凈室（實驗室）、動物飼養(yǎng)房等眾多的標準，需要了解相關標準的具體情況，可參閱專門文獻。
潔凈度等級標準是潔凈室設計的依據(jù)，同時也是工程驗收的標準。對于測定各級別所需的測點數(shù)量、采樣量，都根據(jù)統(tǒng)計規(guī)律做出具體規(guī)定，在相關標準中大多提出了確定級別用的測定數(shù)據(jù)處理方法。
